Рупрэхтскирхэ является самой старой церковью в Вене и посвящена она Святому Руперту из Зальцбурга покровитель соляных торговцев Вены. По легенде церковь была основана Куналдом и Гисалрихом, помощниками Руперта в то время когда он был епископом Зальцбургским. Церковь была построена между 796 и 829 годами, точной даты так найти, и не удалось. Первое историческое упоминание о церкви датируется 1200 годом когда герцог Генрих II пожертвовал дары в церковь Schottenstift. До постройки Собора Святого Стефана в 1147 году в Рупрэхткирхе находилась церковная администрация. За все время церковь неоднократно перестраивалась. В 1276 году она была сильно повреждена из-за пожара. В 1622 году был заменен интерьер церкви в стиле барокко.